ggplot2-fundamentals-gptomics-bioskills

1. 基本信息

2. 功能介绍与亮点

• 系统讲解 ggplot2 的图形语法（grammar of graphics）：数据 + 美学映射（aes）+ 几何对象（geom）+ 标度（scale）+ 分面（facet）+ 主题（theme）分层组合，引用 Wilkinson 2005 与 Wickham 2010 的原始文献
• 给出“三条现代默认”：theme_classic() 去网格线 + Okabe-Ito 色盲安全配色的发表基线；cairo_pdf 导出以嵌入 TrueType 字体（避免默认 pdf() 设备产出期刊不兼容字体）；aes(x = .data[[var]]) 的 tidy evaluation 现代写法（取代已弃用的 aes_string）
• 覆盖常见 geom（点/线/柱/箱线/小提琴/直方图/密度/热图瓦片/文字标注）、标度（连续/离散/对数/日期）、分面（facet_wrap/facet_grid）与可复用主题函数的完整代码模板
• 7 类具体失败模式对照表（如默认 ggsave 字体未嵌入、aes() 内外常量与映射混淆导致颜色映射错误、size 与 linewidth 参数在 ggplot2 3.4+ 后的行为变化、facet_wrap(scales='free') 误用导致跨面板比较失效、aes_string 已弃用、ggrepel 默认 max.overlaps 静默丢标签、ggsave 单位默认为英寸而非毫米），逐条给出触发条件、机制、症状与修复方法
• 附带 usage-guide.md 与 R 示例脚本 examples/publication_figures.R，可直接运行验证

3. 适用场景

所属分类：数据分析与可视化

面向需要用 R 产出发表级静态图表的研究者与数据分析师——典型场景包括基因表达箱线图、PCA/降维散点图、跨条件对比的分面图、投稿期刊要求的矢量图导出。ggplot2 是 R 生态中事实标准的绘图库，几乎所有下游更专精的可视化任务（如箱线图统计标注、多面板拼图、火山图）都以其语法为基础搭建。Claude Code / Codex 等初中级用户可用自然语言描述图表需求（如“画一张按组别分面的基因表达箱线图，叠加散点，log10 纵轴，Nature 单栏尺寸导出”），由 agent 直接产出符合期刊规范、字体正确嵌入的可运行代码，无需自行摸查 ggplot2 各图层参数与新旧 API 差异。

4. 跨 Agent 兼容性

• Claude Code：✅ 原生支持——标准 SKILL.md（YAML front matter + 指令正文），可直接复制进技能目录使用
• Codex：✅ 遵循同一 Agent Skills 规范格式，可安装使用
• OpenClaw：✅ 同上，格式通用
• Hermes Agent：✅ 已获官方确认——Hermes Agent 生物信息学技能网关文档（docs/user-guide/skills/optional/research/research-bioinformatics）的「Data Visualization & Reporting」类目按目录名精确列出 ggplot2-fundamentals

5. 推荐理由

ggplot2 是 R 语言数据可视化的事实标准，几乎所有生物信息学下游图表（箱线图统计标注、多面板拼图、火山图、热图）都建立在其图形语法之上，但其分层 API、tidy evaluation 写法与版本间的破坏性变化（如 size→linewidth、aes_string 弃用）经常让人卡壳。该技能把图形语法拆解为可直接套用的分层模板，给出发表级图表的默认最佳实践（配色、字体嵌入、导出尺寸），并系统列出真实高频报错的触发条件与修复方法，帮助 agent 一次产出既美观又符合期刊规范的可运行代码。

6. 评分

安全检查清单：①无 shell 命令执行，示例代码仅调用 R 绘图库函数　②运行时不联网　③无需任何凭据　④SKILL.md 与示例脚本均为公开绘图代码，未见可疑指令　⑤GPTomics 为持续维护该开源生物信息学技能合集的组织账号，公开仓库活动未见刷星或误导性描述等造假迹象　⑥MIT 许可证清晰　⑦本技能所在路径最近一次提交为 2026-05-24

7. 跟同类 Skills 相比的优势

三者面向不同语言栈：R 用户首选本技能；Python 用户对应选 matplotlib-fundamentals；通用图表美学与配色规范则由内置技能兜底。三者不互相替代，可按项目所用语言栈组合使用。

8. 用户评价

该技能目前在第三方平台尚无具名用户评价；所属仓库的公开 Issue 与 PR 记录中可见独立于维护者账号的外部贡献者（如引用文献纠错、新技能提案），但未见针对本子技能的具名反馈。

9. 其他补充

SKILL.md 的「Related Skills」交叉引用同合集内的 color-palettes（配色标度选择）、multipanel-figures（patchwork 拼图组合）、distribution-plots（箱线/小提琴 geom）、volcano-and-ma-plots（火山图叠加 ggrepel）与 heatmaps-clustering（ComplexHeatmap 与 geom_tile），可见本技能是合集内多个更专精可视化技能共同依赖的基础层。

10. 安装使用方式

1. 从 GitHub 下载或克隆仓库子目录：data-visualization/ggplot2-fundamentals/
2. 复制整个目录（含 SKILL.md、examples/、usage-guide.md）到所用 agent 的 skills 目录（如 Claude Code 的 ~/.claude/skills/ 或项目内 .claude/skills/）
3. R 侧依赖：install.packages(c('ggplot2', 'scales', 'ggrepel', 'ggtext', 'viridis', 'scico', 'patchwork'))
4. 无需重启 agent，安装后下次对话即可通过自然语言描述图表需求触发（如“用 ggplot2 画一张按组别分面的表达量箱线图，叠加抖动散点，Nature 单栏尺寸导出”）

11. 注意事项

• 部分现代写法（如 .data[[var]] tidy evaluation、linewidth 参数）要求 ggplot2 3.4+ 及以上版本，过旧环境需先升级包版本
• cairo_pdf 导出依赖系统已安装 Cairo 图形库，部分精简 R 环境需额外安装系统依赖才能使用
• 仓库为社区维护的生物信息学技能合集，非任何厂商官方出品，选用前建议自行核对示例代码与当前环境中的库版本是否匹配