1. 基本信息
| 项目 | 内容 |
|---|---|
| 名称 | circos-plots-gptomics-bioskills |
| 项目自述名称 | Circular Genome Plots (Circos)（SKILL.md 内部标题） |
| 作者/维护者 | GPTomics Organization |
| 来源链接 | https://github.com/GPTomics/bioSkills/tree/main/data-visualization/circos-plots |
| 许可证 | MIT（数据来源：GitHub API，仓库级） |
| GitHub Stars / Forks | 所属合集仓库 bioSkills 整体 1,129 / 193（数据来源：GitHub API；⚠️ 为整个合集的数字，不代表本技能自身热度） |
| 最新版本 | 本子技能内容最近一次提交于 2026-05-24（数据来源：GitHub API commits，按该子目录路径查询） |
| 安装方式 | 复制 data-visualization/circos-plots/ 整个目录（含 SKILL.md、examples/、usage-guide.md）到 agent 的 skills 目录 |
2. 功能介绍与亮点
- 三条工具路径并重：R 的
circlize（现代默认）、Python 的pyCirclize（较年轻但持续开发）、Perl 的 Circos CLI（功能最强、学习曲线最陡） - 明确给出“何时该用环形、何时不该用”的判断依据：援引 Cleveland-McGill 1984 的视觉感知效果排序与 Heer-Bostock 2010 的众包复现研究，指出环形布局在精确数值比较上不如笛卡尔坐标系，只有“染色体邻接性”或“多实体两两交互”这类场景才值得用环形
circlize完整代码模板覆盖 ideogram 初始化、基因密度直方图、变异密度热图、CNV 散点、跨染色体 SV 连接弧，并强调circos.clear()是每张图必须的收尾步骤- 详细拆解
circos.clear()全局状态陷阱——忘记调用会导致循环绘图中后续图形继承前一张图的旋转角度与间隙设置 - 7 类具体失败模式对照表（如物种/基因组版本不匹配导致细胞带错位、连接弧过多糊成黑团、染色体顺序未显式指定等），逐条给出触发条件、机制、症状与修复方法
- 与合集内 karyoploteR（线性替代方案）的适用边界划分清晰，避免“为了炫酷而环形”
3. 适用场景
所属分类：数据分析与可视化
面向需要展示全基因组尺度比较关系的研究者——典型场景包括结构变异（SV）跨染色体连接图、Hi-C 染色质接触概览、CNV 全基因组一览、多基因组比较。当分析目标是展示“染色体之间的邻接或成对交互关系”时，环形布局能承载笛卡尔坐标图无法直观表达的信息；该技能同时明确划出不该用环形的场景（如跨条件的表达量比较），避免研究者滥用这一图表类型。Claude Code / Codex 等初中级用户可用自然语言描述需求（如“画出全基因组 CNV 与结构变异的环形图，hg38 坐标，chr1 从 12 点方向起始”），由 agent 产出可运行的 R 或 Python 代码，无需自行摸索 circlize 的参数语法。
4. 跨 Agent 兼容性
- Claude Code：✅ 原生支持——标准 SKILL.md（YAML front matter + 指令正文），可直接复制进技能目录使用
- Codex：✅ 遵循同一 Agent Skills 规范格式，可安装使用
- OpenClaw：✅ 同上，格式通用
- Hermes Agent：✅ 已获官方确认——Hermes Agent 生物信息学技能网关文档（
docs/user-guide/skills/optional/research/research-bioinformatics）的「Data Visualization & Reporting」类目按目录名精确列出circos-plots
5. 推荐理由
全基因组尺度的结构变异、CNV、Hi-C 交互等分析场景经常需要环形图表达染色体间的邻接或交互关系，但环形布局也是最容易被滥用的图表类型之一——不少人只因“视觉效果好”就选择环形，牺牲了数值可读性。该技能不仅提供 R/Python/Perl 三条工具路径的完整代码模板，还把“什么时候该用/不该用环形”的判断依据讲清楚，并系统列出 circos.clear() 全局状态污染等真实踩坑场景，帮助 agent 一次产出既可用又不滥用图表类型的代码。
6. 评分
| 维度 | 分数 | 说明 |
|---|---|---|
| 受欢迎程度 | 6 | 所属合集仓库 GPTomics/bioSkills 整体 1,129 stars，该数字属整个合集，不代表本技能自身热度；本技能在 Hermes Agent 官方生物信息学技能网关的 Data Visualization & Reporting 类目中被按目录名精确收录 |
| 可用性 | 9 | SKILL.md + 独立 usage-guide.md（含 4 组可直接使用的 prompt 示例）+ R/Python/Perl 三语言代码模板；一条 install.packages()/pip install/brew install 即可安装；仓库最近一次推送为 2026-07-25，本技能所在路径最近一次提交为 2026-05-24；无付费依赖 |
| 安全性 | 9 | 纯提示词模板 + 本地绘图代码，无 shell 命令执行、无运行时联网外发、无需 API key 或凭据；MIT 许可证明确；通读全文与示例代码未见混淆逻辑或可疑指令 |
安全检查清单：①无 shell 命令执行，示例代码仅调用 R/Python/Perl 绘图工具 ②运行时不联网 ③无需任何凭据 ④SKILL.md 与示例脚本均为公开绘图代码，未见可疑指令 ⑤GPTomics 为持续维护该开源生物信息学技能合集的组织账号，公开仓库活动未见刷星或误导性描述等造假迹象 ⑥MIT 许可证清晰 ⑦本技能所在路径最近一次提交为 2026-05-24
7. 跟同类 Skills 相比的优势
| 维度 | circos-plots（本技能） | karyoploteR 线性替代（同合集内 copy-number/cnv-visualization） | Claude Code 内置通用图表技能 |
|---|---|---|---|
| 布局 | 环形，强调染色体邻接与跨染色体连接 | 线性染色体条带 + 堆叠数据轨道 | 通用，不预设布局 |
| 适用信号 | SV 跨染色体连接、Hi-C 交互、全基因组 CNV 概览 | 单染色体或少量染色体的精细 CNV 展示 | 领域中立，覆盖任意图表类型 |
| 决策指引 | 内置“该不该用环形”的量化判据（Cleveland-McGill 1984） | 不涉及环形/线性取舍问题 | 不含特定图表类型的取舍指引 |
三者定位互补：需要精细比较少数染色体数值时优先 karyoploteR；需要通用图表美学与配色规范时用内置通用技能；需要表达全基因组尺度邻接或交互关系时用本技能。
8. 用户评价
该技能目前在第三方平台尚无具名用户评价；所属仓库的公开 Issue 与 PR 记录中，与本子技能相关的活动主要是维护者自身的内容更新，未见独立第三方使用反馈。
9. 其他补充
SKILL.md 的「Related Skills」交叉引用同合集内的 copy-number/cnv-visualization（线性替代）、variant-calling/structural-variant-calling（连接弧的数据来源）、hi-c-analysis/hic-visualization（Hi-C 环形展示）与 data-visualization/color-palettes（配色规范），形成“分析产出数据 → 环形/线性可视化选型 → 配色”的完整链路。
10. 安装使用方式
- 从 GitHub 下载或克隆仓库子目录：
data-visualization/circos-plots/ - 复制整个目录（含
SKILL.md、examples/、usage-guide.md）到所用 agent 的 skills 目录（如 Claude Code 的~/.claude/skills/或项目内.claude/skills/） - R 侧依赖：
install.packages('circlize')；Python 侧依赖：pip install pycirclize；CLI 侧依赖：brew install circos或conda install -c bioconda circos - 无需重启 agent，安装后下次对话即可通过自然语言描述环形基因组可视化需求触发（如“用 circlize 画一张 hg38 的 CNV 环形图，chr1 从 12 点方向起始”）
11. 注意事项
- 环形布局在精确数值比较上弱于笛卡尔坐标图（Cleveland-McGill 1984），使用前应先确认“染色体邻接性”或“多实体交互”确实是要传达的信息，而不是单纯追求视觉效果
circos.clear()若在循环绘图中遗漏，后续图形会继承前一张图的旋转角度与间隙等全局设置，需养成每张图收尾必调用的习惯- 仓库为社区维护的生物信息学技能合集，非任何厂商官方出品，选用前建议自行核对示例代码与当前环境中的库版本是否匹配